Isolation and identification of marine bacteria from marine mud in Vietnam with antimicrobial activity

Phân lập và nhận dạng các chủng vi sinh vật biển từ mẫu bùn biển ven bờ Việt Nam và hoạt tính kháng khuẩn của chúng

  • Tuyen Do Thi Institute of Biotechnology, Vietnam Academy of Science and Technology, 18 Hoang Quoc Viet Road, Caugiay District, Hanoi
  • Quyen Le Dinh Institute of Biotechnology, Vietnam Academy of Science and Technology, 18 Hoang Quoc Viet Road, Caugiay District, Hanoi
  • Thi Quyen Dinh Institute of Biotechnology, Vietnam Academy of Science and Technology, 18 Hoang Quoc Viet Road, Caugiay District, Hanoi
  • Cuong Pham Van Institute of Marine Biochemistry, Vietnam Academy of Science and Technology, 18 Hoang Quoc Viet Road, Caugiay District, Hanoi
Keywords: antimicrobial, marine bacteria, 16S rRNA gene, marine environment, climate change, ART

Abstract

Seventeen bacterial strains were isolated from 9 marine mud samples from the inshore environments of the East Sea. Four bacterial strains showed an inhibition against all tested microorganisms Staphylococcus aureus ATCC10832, Escherichia coli JM109, and Fusarium oxysporum. 16S rRNA sequences of four bacterial strains were obtained by PCR using specific primers. PCR products were cloned into E. coli DH5a using pJET1.2 blunt vector. The recombinant plasmids were sequenced and the lengths of these 16S rRNA sequences were ~930bp. The 16S rRNA sequence from the four bacterial DB1.2, DB1.2.3, DB4.2 and DB5.2 strain showed a high identity of 97 to 99% with the 16S rRNA sequence from Photobacterium sp., Oceanisphaera sp., Shigella sp., Stenotrophomonas sp, respectively.

Mười bảy chủng vi khuẩn đã được phân lập từ 9 mẫu bùn biển từ các vùng ven bờ biển Việt Nam. Bốn chủng vi khuẩn được ghi nhận có khả năng ức chế mạnh sự sinh trưởng và phát triển của các chủng vi khuẩn Staphylococcus aureus ATCC10832, Escherichia coli JM109, và thậm chí cả nấm Fusarium oxysporum. Trình tự gene 16S rRNA của bốn chủng vi khuẩn này đã được khuếch đại bằng PCR sử dụng cặp mồi đặc hiệu. Sản phẩm PCR được nối ghép vào vector pJET1.2 blunt sử dụng T4 ligase, hình thành plasmid tái tổ hợp và biến nạp vào E. coli DH5. Khuẩn lạc có plasmid mang phân đoạn DNA chèn được nuôi cấy và tách plasmid. Trình tự 16S rRNA từ 4 chủng DB1.2, DB1.2.3, DB4.2 and DB5.2 chỉ ra có sự tương đồng 97 ÷ 99% so với trình tự 16S rRNA tương ứng của các chủng vi sinh vật biển trên ngân hàng gene thế giới là Photobacterium sp., Oceanisphaera sp., Shigella sp., và Stenotrophomonas sp.

Published
2012-11-07
Section
Research articles